قنات دو طبقه نوعی قنات است با دو طبقه‌ و در هر طبقه‌ی آن آبی مستقل جریان دارد، به گونه‌ای که آب هیچ‌یک به دیگری نفوذ نمی‌کند. تشخيص و احداث اين نوع قنوات بستگى به‌وجود لايه‌هاى آبدار روى يکديگر و تخصص معمار قنات دارد.